<p>You are not giving me the output of CMake.  If I cannot see what is being linked against I cannot help.  When you type <code>-L/usr/lib64/atlas</code> into your CMake command this makes no difference (as CMake is telling you in its output!).  Although I can tell you what is going on here and try and help you, I highly suggest you spend a long time learning about how linkers and compilers actually work.  Even if I do fix your issue here (which I am getting close to doing despite the confusing and nonstandard setup you are forced to use), it is only a matter of time before you have another compilation or linking issue, whether with mlpack or another library.</p>

<p style="font-size:small;-webkit-text-size-adjust:none;color:#666;">&mdash;<br>Reply to this email directly or <a href="https://github.com/mlpack/mlpack/issues/511#issuecomment-181960134">view it on GitHub</a>.<img alt="" height="1" src="https://github.com/notifications/beacon/AJ4bFCDRvIEcvfwXfQQbP4rnKF5x7jCAks5pihRXgaJpZM4HPrM8.gif" width="1" /></p>
<div itemscope itemtype="http://schema.org/EmailMessage">
<div itemprop="action" itemscope itemtype="http://schema.org/ViewAction">
  <link itemprop="url" href="https://github.com/mlpack/mlpack/issues/511#issuecomment-181960134"></link>
  <meta itemprop="name" content="View Issue"></meta>
</div>
<meta itemprop="description" content="View this Issue on GitHub"></meta>
</div>