<p>Oops, hit 'comment' too early (phones are hard).</p>

<p>When Armadillo then installs, it copies <code>tmp/</code> to <code>/use/include/</code>. In the links you have given above, it looks like</p>

<ul class="task-list">
<li><p>the Gist, which I think is the <code>tmp/include/armadillo_bits/config.hpp</code> that the Homebrew configuration has produced, is not configured correctly: HDF5 is not enabled.</p></li>
<li><p>Your hand compilation is successful: <code>tmp/include/armadillo_bits/config.hpp</code> has HDF5 enabled.</p></li>
</ul>

<p>But what I don't know is what is different between these two approaches. Can you dig a little deeper and figure out exactly which calls are different?  I'm not convinced that there is an actual bug in the Armadillo configuration scripts here: I think maybe the issue is with how Homebrew is invoking the configuration and install scripts, but I don't have enough clues to know for certain. I'm happy to help with the digging process though... :)</p>

<p style="font-size:small;-webkit-text-size-adjust:none;color:#666;">&mdash;<br>Reply to this email directly or <a href="https://github.com/mlpack/mlpack/issues/403#issuecomment-80861985">view it on GitHub</a>.<img alt="" height="1" src="https://github.com/notifications/beacon/AJ4bFKmEPMizpSgNqPQeIU4fBAC_wkrfks5n1QskgaJpZM4DfUCf.gif" width="1" /></p>
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