<p>I'm stumped, and I don't have a good reason why this is happening, and unfortunately I don't have a way to reproduce it either.  Something weird is happening during the configuration step that is causing the line <code>#define ARMA_USE_HDF5_ALT</code> to be instead generated as <code>/* #undef ARMA_USE_HDF5_ALT */</code>, and I'm not sure what or why it's happening.  As far as I can tell, the Armadillo CMake configuration is okay, and the way you are calling it seems fine too.</p>

<p>One stopgap solution is simply to disable HDF5 support until the issue can be resolved.  I'd help but I have no OS X system to reproduce and investigate on.</p>

<p style="font-size:small;-webkit-text-size-adjust:none;color:#666;">&mdash;<br>Reply to this email directly or <a href="https://github.com/mlpack/mlpack/issues/403#issuecomment-77481846">view it on GitHub</a>.<img alt="" height="1" src="https://github.com/notifications/beacon/AJ4bFEDXJQIvkhmMhuNGrcr-9Lr9KmZTks5nyOnlgaJpZM4DfUCf.gif" width="1" /></p>
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